Šukionių pagrindinė mokykla įkurta 1953 metais.
1953 metais Pavėzgių pradinėje mokykloje atidarytos 5-oji ir 6-oji klasės. Mokykloje trūkstant patalpų, Švietimo skyrius nupirko namą Šukionių kaime. Tame name ir buvo įrengtos klasės, todėl pradinių klasių mokiniai lankė pradinę mokyklą Pavėzgiuose, o vyresnieji – Šukioniuose.
1962 metais Šukioniuose atidaryta septynmetė mokykla, vėliau – aštuonmetė, devynmetė, pagrindinė… 2000 metais mokyklą baigė pirmoji dešimtokų laida. 2005 metais pristatytas priestatas. Sumažėjus mokinių, 2019 metais mokykla uždaryta. Šiuo metu pastatas privatus, naujieji šeimininkai planuoja jame įkurti „senelių namus“.